A pesar de nacer en Kioto, vivió la mayor parte de su juventud en Kōbe. Su padre era hijo de un sacerdote budista. Su madre, hija de un comerciante de Osaka. Ambos enseñaban literatura japonesa. Estudió literatura y teatro griegos en la Universidad de Waseda (Soudai), en donde conoció a su esposa, Yoko. Su primer trabajo fue en una tienda de discos (tal como uno de sus personajes principales, Toru Watanabe de Norwegian Wood). Antes de terminar sus estudios, Murakami abrió el bar de jazz «Peter Cat» (El Gato Pedro) en Tokio, que funcionó entre 1974 y 1982.

Tokio Blues fue la primera de sus obras que despuntó, y su fama le convirtió en una verdadera estrella en Japón.
Tras pasar una larga temporada en Estados Unidos en el que escribió sus siguientes obras, Al sur de la frontera, al oeste del sol y Crónica del pájaro que da cuerda al mundo, Murakami decidió volver a Japón tras el famoso terremoto de Kobe y el atentado terrorista con gas sarin al metro de Tokyo.
Sputnik mi amor y Kafka en la orilla, le valieron el definitivo espaldarazo internacional y un seguimiento fiel de una verdadera legión de lectores.
Sus dos últimas éxitos, After Dark y Sauce ciego, mujer dormida han sido verdaderos fenómenos editoriales, con unas elevadas ventas en más de cuarenta países.

La ficción de Murakami, que a menudo es tachada de literatura pop por las autoridades literarias japonesas, es humorística y surreal, y al mismo tiempo refleja la soledad y el ansia de amor en un modo que conmueve a lectores tanto orientales como occidentales. Dibuja un mundo de oscilaciones permanentes, entre lo real y lo onírico, entre el gozo y la obscuridad, que ha seducido a Occidente.

A finales del 2005, Murakami publica una colección de cuentos llamada Tōkyō Kitanshū, traducido libremente como «Misterios Tokiotas». Recientemente, ha editado una antología de relatos llamada Historias de Cumpleaños, que incluye historias por escritores angloparlantes, e incluyendo una suya, preparada especialmente.

Ha publicado en castellano: Crónica del pájaro que da cuerda al mundo, Tokio blues: (Norwegian Wood), Kafka en la orilla, Sputnik, mi amor, Al sur de la frontera, al oeste del sol, Sauce ciego mujer dormida, El Fin del Mundo y un despiadado país de las maravillas, After dark y De qué hablo cuando hablo de correr. Anagrama ha traducido su obra La caza del carnero salvaje.